Ngày 8/9/2025, CLB Hòa Bình bất ngờ gửi văn bản đến Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) và Công ty cổ phần Bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam (VPF) xin rút lui khỏi Giải Hạng Nhất Quốc gia và Cúp Quốc gia mùa giải 2025-2026 vì những lý do bất khả kháng. Quyết định này khiến Ban tổ chức phải tổ chức lại lễ bốc thăm và điều chỉnh lịch thi đấu của Giải Hạng Nhất để phù hợp với tình hình mới.
Trước đó, CLB Hòa Bình đã tiến hành thủ tục đổi tên thành Phú Thọ FC, chuyển sân nhà về sân Việt Trì theo địa giới hành chính mới sau khi tỉnh sáp nhập. Tuy nhiên, việc chuyển đổi địa giới hành chính cùng với các yếu tố như không đại diện chính thức cho tỉnh Phú Thọ tham gia giải, không có sự hỗ trợ của địa phương trong tổ chức các trận đấu và việc phải bàn giao lại cơ sở vật chất đã dẫn đến sự rút lui đột ngột của đội bóng.
Việc CLB Hòa Bình không tham dự đã khiến số lượng đội tuyển ở giải Hạng Nhất giảm xuống còn 12 đội, bao gồm các câu lạc bộ như Bắc Ninh, Đại học Văn Hiến, Đồng Tháp, Gia Định, Khánh Hòa, Long An, TP.HCM cùng các đội trẻ và đại diện khác. Ban tổ chức đã lên kế hoạch bốc thăm lại lịch thi đấu vào ngày 11/9 để đảm bảo tiến độ và tính chất chuyên nghiệp của giải.
Ở Cúp Quốc gia 2025/26, dù CLB Hòa Bình không tham dự, Ban tổ chức vẫn giữ nguyên lịch thi đấu đã công bố trước đó. Đội Khánh Hòa, vốn gặp Hòa Bình ở vòng loại, đã được đặc cách vào thẳng vòng 1/8, giúp giữ nguyên cấu trúc giải với 25 đội tham dự và 24 trận đấu diễn ra.
Quyết định rút lui của CLB Hòa Bình không chỉ ảnh hưởng đến cơ cấu và lịch thi đấu của các giải đấu bóng đá chuyên nghiệp Việt Nam mà còn đặt ra nhiều dấu hỏi về định hướng và sự phát triển lâu dài của đội bóng dưới bối cảnh bóng đá chuyên nghiệp ngày càng khốc liệt và đòi hỏi nguồn lực tổ chức bài bản.